>ベスト4のうちの3校が同じ県になるなど、起きてはならないことだからですか?  おそらく中国大会の運営サイドはそのような考えを持っているのだと思います。
同県が3校は選考ルールで禁止されている以上、2校までしか勝ち上がれない形式にしておけば、後々「上位進出したのに落とされるなんて問題だ!こんな選考、おかしいだろ!」といった意見も出なくなって面倒なことが起きません。
それに中国地区はどうしても山陰地区のレベルが低く見られがちなので、広島や岡山が4強のうち3校を占めてしまうといった事態が起こりやすいという思いもあるのではと思います。
杓子定規の事なかれ主義のような印象を受けますが、中国地区はそのような地区なのでしょう。
あくまで個人的な推測ですが。
  >他の地区ではで同じ県同士を序盤で潰しあいさせない組み合わせにわざとしていますね。
ベスト4のうちの3校が同じ県になるなど、起きても全然かまわないからですか?   多分そのような考えなのでしょう。
現に四国地区などは愛媛が4強のうち3つを独占してしまったことが起きましたが、ルールに従って2校までしか選びませんでした。
しかしとくに問題にはなっていません。
   結局、それぞれの地区が好き勝手に運営してる状況がその差を生んでいるということだと思います。