インタークーラーだけで劇的に変わった!!と言うことはあまり無いと思いますよ。
ターボ車で劇的にパワーアップを体感したいならタービン交換してブーストアップし、サブコンまたは純正ECUを書き換えて現車合わせセッティングすることです。
エンジンのオーバーホールをされるなら、先を見越してエンジンガスケットをメタルに変更した方が得策です。
現時点で多少のブーストアップと思っていても、後々もっとブーストアップしたいとなったとき、ガスケットをメタルにしていないとブーストアップにガスケットが耐えきれず、ガスケット抜けでエンジンブローという結果になります。
折角エンジンを開けるなら、メタルにしてしまえば再度バラス必要がないですからガスケット代金をプラスするだけで変更できますからね。
話は戻りますが、チューニングはバランスです。
一ヶ所を変えても劇的にというのは難しいです。
相対的にバランス良くパーツ変更して行くのが間違いないです。
インタークーラー云々はチューニングの中盤以降で考えていく課題かと思います。
マフラー、エアクリーナー、ターボアウトレット、エキマニ、そしてインタークーラーでしたらエンジン上に有るものを車両前面に移動させて冷却効果を上げてみるなどしてみるのも手かと思います。