苦労されてますね。
過去に6V1,2速と12V3,4速でクロスミッション作った程度で、あまりミッションは得意ではないのですが、経験から回答します。
まず、他の回答者さんがおっしゃる追い番の件ですが、手持ちのモンキー・ゴリラのパーツリスト(平成12年版 古いな(笑))では、カウンターシャフトセカンドギアは23441-065-020です。
貴方手持ちのパーツリストとは、追い番010から020になっているようですが、適用年式はJZ~JLで変わってませんので、部品統合などである年度に部品全体で変更があったのだと思います。
ですので気にすることは無いかと思います。
今回は俗に言う6Vミッションと12Vミッションの違いの話と思いますのでほっといても問題ないでしょう。
問題のカウンター二速ギアですが、23441-GS3-000はJN(12Vモンキー)以降の適用となっています。
(部品番号からはジャズのカウンター二速ギア、これを12Vモンキーにも使用しているということになります) 質問者さんのミッションは純正6V四速ですので、カウンター二速だけを12Vのものに変更できるかということになります。
これは不可だと思います。
理由の一つとして、ギアの厚みが6Vと12Vでは違います。
ただし、1+2速、3+4速ではそれぞれ同じ厚みになります。
ギア比の問題もありますが、このため純正クロスは1,2速と3,4速がセット入れ替えで作られます。
理由の二つ目は、おそらくギアモジュール(ギアの歯の大きさ)が違います。
二速のギア歯数を6Vと12Vで比較すると、 6Vはメイン(23431-041)17、カウンター(23441-065)31です。
12Vはメイン16(23431-GS3)、カウンター(23441-GS3)31です。
一見、カウンター側は同じ丁数なので互換性がありそうですが、 メイン側のギアの外径が異なるため、カウンター側もギアの外径が異なるはずです。
このため、同じ丁数でもギアの歯の大きさが異なり、うまくかみ合わなくなります。
私も実際やってみた訳ではないので、ひょっとしたら上記二点をクリアしてなんとか動作するのかもしれません。
しかし、ベストな状態とは言えないのでやめた方が良いと思います。
ちなみに、以前の回答で私も6V純正四速でシフトフォークが焼けてロックしたことを書きましたが、そのミッションはその後純正クロス四速のベースとして復活しました。
ジャンク屋でたまたま12Vのミッションを1000円でゲットできたので、 3,4速はそれを使い、1,2速はバリを磨いてなるべくきれいにしました。
シフトドラムとシフトフォークは12V用を使いました。
保証はできませんが、特に問題なく使えていました。
リューターや鉄やすりでバリを取り、ギアをシャフトにはめた状態で回しながら、サンドペーパーでカニ爪が当たる部分を広がり過ぎないように、傷だけを消すように磨けばそれなりになると思います。
写真を見る限り、(私のと比較すると)十分使えるコンディションだと思います。
シフトフォークは12Vのにした方がいいと思いますが。
(というか、それしか手に入らないか?) 部品の入手に関してですが、6Vミッション、新品は廃盤と言っても、中古は出回っていますので出物を狙ってはいかがでしょうか。
以前、大手部品買い取りセンターで、アメリカンダックスの部品を持ち込み買取見積してた人に遭遇して、「カムは買い取りますが、純正ミッションは要りません」と言われてたので、帰られる前に速攻声をかけて、Bキックシャフト・キックギア込の6V四速ミッション一式を1000円でゲットしたこともあります(笑) 捨てる神あれば拾う神あり、欲しいと思っていると意外と手に入るかも。
部品交換会でもチャンスはあるかもしれません。
静岡某地区で行われている交換会にいつも来ている業者の人は、 ミカン箱数箱分のばらした横型エンジンのミッションを持って来てましたね。
その人のとこではヘッドやケースなんかも捨て値で手に入ります。
使えるかどうか見る目を磨く必要はありますが、そういった場所では格安ゲットできるので楽しいですよ♪