極端に少なすぎなければ大きな問題は無いです。
極端に少ない場合はラインの放出時にスプールエッジに当たる角度の関係で、ラインの出が多少悪くなります。
3lbが100mだとシャロースプールになるので、3lbを75mで巻いてもさほど影響は出ないと思います。
逆に多く巻きすぎた場合は、ラインがスプールエッジで止まらずにバラけたり余分に出すぎたりしやすくなります。
ライン交換の際の注意点ですが、ラインに適当なテンションを掛けて巻かないとトラブルの原因になります。
テンションが弱過ぎるとラインが緩く巻かれるので下のラインに上のラインが食いこんだり、緩んだラインの弛みが上のラインに挟まれたりします。
他にもパッと見はキレイでもキャスト時にラインがバラける原因にもなります。
テンションが強すぎても良くないです。
無理やり強いテンションを掛けて巻くと最悪の場合スプールが変形します。
そこまでいかなくてもキャスト後に巻き直すとテンションが弱くなるので、ラインのバランスが崩れたりします。
時々、やたらと強いテンションを掛けて巻いて、規定の量よりこんなに多く巻けた!! と自慢げに書いている人がいますが、間違いに気づいていない人です。
またテンションはなるべく一定で巻く方がいいです。
そのためにも http://www.daiichiseiko.com/category/item/itemgenre/l_maintenance/line_marky のような道具を使う方がいいです。
あと、古いラインを外すのが大変な場合は リサイクラー http://www.daiichiseiko.com/category/item/itemgenre/l_maintenance/line_recycler があると助かります。