自動車の分解整備を業として行うには、国土交通省の認証が必要です。
しかし、分解整備を伴わない場合には、認証工場でなくても実施可能です。
タイヤ交換やオイル交換などは分解整備に該当しないので、車検だけなら認証工場じゃなくても受けることは可能です。
(ユーザーの代理として車検場に車を持ち込んで車検を受けることが可能です) ブレーキオイルの交換も、分解整備には該当しないので、そのこと自体は何の問題もありません。
また、ブレーキオイルの交換が原因でマスターシリンダーに不具合が生じるということはありませんので、その責任を問うこともできません。
事の経緯がハッキリとわかりませんが、ユーザーさんからブレーキの効きが甘い気がすると言われたら、まずは各部を点検して、異常がなければ、ブレーキオイルの交換、エア抜きを実施するというのは間違ってないです。
それでも症状が改善しない場合には、次にマスターシリンダーを疑います。
マスターシリンダーは外から見て不具合がわかる(オイル漏れなど)ことは少なく、明らかにマスターシリンダーが原因と考えられる症状でなければ、交換まではしないことが多いです。
実際、マスターシリンダーを交換しなくても車検に通ったということは、必要な制動力は得られていらということなので、問題とはならないでしょう。
『必要な制動力が得られないのに、誤魔化して車検に通したなら問題ですが…) その後、少し違和感があったので、他のショップに出したら、マスターシリンダーを交換されて、症状が改善したということであれば、マスターシリンダーが劣化していたということでしょう。
ただ、マスターシリンダーを交換するかどうかの判断は難しいので、最初のショップがそれを行わなかったことを責めることはできないし、ましてや、最初のショップの行為が原因でマスターシリンダーが故障するということはあり得ません。
なので、今回のケースでは、何も問題にすることはできないと思います。