「その際ナンバープレートと書類を持ってきてくださいとメールに書いてありました」 ナンバープレートが無いと自走できないし、書類が無いと自賠責保険を作れないから、ちゃんと納車できるように両方とも持ってきてくださいね、と言う意味ですね。
「書類とは多分標識交付証明書と販売証明書のことだと思う」 いいえ。
販売証明書は、バイクの販売店があなたに送ったはずです。
それを役場に提出して登録し、ナンバープレートの交付を受けるのです。
ナンバープレートが交付済みなら、販売証明書はもう手元にない筈です。
また「標識交付証明書」は存在しない市町村もあります。
ただし、それに代わる書類が役場で登録した際に交付されたはずですから、それを持参すればいいのです。
「私の手違いでどちらも今手元にないのです」 なんの手違いか知りませんが、書類はきちんと管理しましょう。
「これらがないと販売してもらえないのでしょうか? 最悪ナンバープレートと運転免許証だけあれば売ってもらえるのでしょうか?」 別に、ナンバープレートがあれば自賠責保険に必要な情報は足りますので、売ることはできるでしょう。
しかし、相手がどこの誰とも知れない通販で、しかも登録代行を依頼せず自力で登録する客が相手です。
適当な別のバイクのナンバープレートを持参してごまかす危険(無登録車運行の幇助に問われる危険)を考えれば、書類を持参しないのなら納車できないと考えるでしょうね。
私なら引き渡しませんよ。