メガーヌRSといっても、メガーヌⅡベースのもの(ABA-MF4R2)とⅢベースのもの(ABA-DZF4R)の2車種がありますが、恐らく、Ⅲベースのものであるという趣旨だと思われますので、それで回答させて頂きます。
あらゆる観点から見ても、メガーヌRSの圧勝だと思います。
何故なら、自動車雑誌やインターネットでの記事を見ると、メガーヌRSを称賛している記事が非常に多いからです。
しかも、ただ褒めているだけでなく、最高のFFスポーツであると絶賛している記事が多いです。
場合によっては、ニュルでのラップタイムで上回っているホンダ・シビックタイプRより上だという評価もされています(Tipo2016年2月号)。
対して、ミニ・ジョン・クーパー・ワークスは、確かに、車自体の出来が良いだけあって称賛されている記事を多く見掛けますが、その程度はメガーヌRSほどの高評価ではありません。
なので、いくら限定バージョンのGPといえども、メガーヌRSの敵ではないと思います。
個人的には、ルノースポール信奉者なので(旧型ルーテシアRS(RF4C)を所有)、メガーヌRSの方が圧倒的に好きです。
ミニは、いくら現行のミニが優秀とはいっても、BMC時代のクラシックミニが本物だと思っているので、所詮BMWによるミニもどきだという偏見を拭い去る事が出来ません。
ただ、共に最高にアツい車である事には変わりがありませんので、どちらかが好きとなると、完全にご質問者様の好みで良いのではないでしょうか? FRスポーツといっても、FFスポーツと決定的に違うのはアクセルワークによるスライドコンロールの有無くらいでしょう。
他には、FF特有のトルクステアの問題がありますが、メガーヌRSはDASS(ダブル・アキシス・ストラット・サスペンション)というものを採用しているおかげでタイヤの接地性が非常に高いので、驚く程トルクステアが少ないです。