ご質問ではボアアップとだけ書いてありますので、言葉通りに受けとって回答します。
Z1とZ2とではボアだけではなくストロークが異なります。
(Z1:66㎜×66㎜、Z2:64㎜×58㎜) Z2のストロークをそのままで、ボアのみをアップして900にした場合、本来の900(Z1)よりもショートストロークになる訳ですから、エンジンフィールはかなり異なると思います。
一般的には高回転型エンジンになるのではないでしょうか。
ただ実際は、Z2のボアだけを削って900ccになるかどうかは怪しいです。
ボアを64㎜から69㎜にして、860ccキットてのはありますが。
もしボアを70.5㎜まで削れるのなら、905ccとなって、ほぼZ1と同一排気量になるんですが、私はそんなキットを見た事ないですね。
Z2の1000cc化については、Z1000のボアが70㎜で、ストロークはZ1と同じですから、ボアアップだけでは不可能でしょう。
もし質問がボアだけではなく、ストロークも伸ばして、広義での排気量アップという意味で質問されたなら、同じ数値で行ったのであれば、当然ノーマルのZ1、Z1000と同じ乗り味になるでしょうね。
もちろんキャブ等の補器類も、同じ物を使うと仮定しての事ですが。