私には判断しかねますが、質問者さんの前提条件も正しいとは思えません。
まず観客動員数の大小で集客力の優劣を単純に評価することは出来ないと思います。
約20,000人の収容能力のスタジアムで観客動員約17,000人。
約50,000人の収容能力のスタジアムで観客動員約25,000人。
もちろん率が良ければいいというわけではありませんが、収容能力が高ければ安い席が多くなり、行きやすいということもあるかもしれません。
両者の本拠地も関係するでしょう。
かたや東京都、かたや川崎市。
地元というだけで応援するファンもいるのですから、圧倒的に人口の多い東京都の方が、ファンになってくれる数が多いのも不自然ではないと思います。
選手が変わらないというのも、安易にチームの方針が変わらなかったとは言えないと思います。
FC東京が数年前に世代交代を推し進めていたのかもしれません(詳細はしりません)。
FC東京が降格したときに、移籍するヤツはロクデナシだ、なんて雰囲気があり、そのことが数年前と選手があまり変わっていないことに影響した可能性も否めません。
ただ、勝手な感想を述べさせて頂くなら、長年中位に甘んじているのに改革をしないのだとしたら、それはフロントとしてはよろしくないと思います(改革しているかどうかは知りません、あくまで仮定の話です)。
ご参考まで。