お店の決まりや、入れる人によって変わることがありますが、多少多めに入れることがあります。
車の種類やエンジンの劣化具合にもよりますが、オイルは減る性質があるので、多少多めに入れておくほうが無難だからかもしれません。
少ないと苦情を言われやすいので、多少多めにしている可能性もあります。
3.9L入るエンジンに対して、0.1L多くても比率がわずかなので、精密測定でもしない限り、悪影響はないと思います。
また、古いオイルを抜く時、念入りに抜くのか、程ほどに抜くのかは、作業者の勘や、作業工程の都合などで変わるので、例えば作業者が、古いオイルを抜いている間に他の作業をやっていたため、ほぼ完全に近いほど古いオイルが抜けていた場合は、4Lでピッタリになる可能性もあります。
メーカーが指定している3.9Lは、古いオイルが若干残っている状態で入れた場合を前提としている可能性もあるからです。
オイルレベルゲージで確認する時ですが、ホットとコールドの基準もあるので、説明書に従って、より正しく見てください。
オイルレベルは、必ず地面が平らなところに車を止めて確認してください。
エンジンを切った直後に計ると、正しく確認できない場合があります。
レベルゲージに付くオイルが見づらいことがありますが、付いたオイルを雑巾などで拭き取りつつ、何度も確認しているうちに、何となく分かってくると思います。
オイルが付いた部分を光に当てながら角度を変えたりして、工夫しながら確認すると分かってくると思います。
何度も確認することで失われるオイルの量は、ごくわずかなので気にする必要もありません。