まず最初に症状確認したタイミングを知りたかったですね。
プラグ交換の記述がないですが、空冷Engで10,000km以上使ってないですよね? ハイオクガソリン入れたりしてないですよね? 激安ガソリンスタンドで混ぜ物ガソリン入れてないですよね? 新品バッテリーはMF(メンテナンス フリー)タイプでもいいのですが、開放型ですよね?密閉型に変更していないですよね? リコール対策完了してます?ダイヤフラムとか大丈夫? セルスイッチ清掃・・・一緒にキルスイッチ清掃もよろしく。
右スイッチボックスのトラブルはRC42もBC-RC42も結構多いけど走行中にいきなりがないなら違うかな。
エアフィルター確認。
詰まってないかな?次に電気配線の接触不良探索。
社外電気パーツや配線変更している場合は増線した部分の腐食断線による接触不良を疑い配線そのものの状態確認。
電流に対し細い配線入ってたら怪しいです。
問題なければ通常配線の確認。
症状出たら左右どちらでもいいのでプラグの状態確認。
カブってないよね?次にスパークの確認。
スパークしてたら、タンク清掃(排出口だけじゃなくて負圧口もね)、コックの動作確認、経路パイプ清掃確認、同症状の継続ならキャブのオーバーホール、まだ同じ症状なら電気系をテスターですべて確認したらいかがでしょうか?