私はヤクルトファンでも巨人ファンでもありませんが、、、、 神宮で平日なら、たいてい内野・外野ともに当日で問題ないし、15時頃にでも着ければ、十分チケットは買えます。
応援団もいて立ち上がっての応援もしたいなら、1塁側の外野(ライト)がよいし、まったり観たいとか選手をより近くで観たいなら1塁側の内野がよいでしょう。
外野は指定席と自由席があって、指定席はスタンド前寄り、自由席はスタンドの中程~上部エリアになります。
指定席は購入できればゆっくり入場すればよいけど、スタンド前寄りのためにネット越しでの観戦になることが多いです(前方のネットが邪魔)。
外野指定なら球場の窓口で購入の際に、「外野指定のなるべく上段で」とでも告げるとよいかと。
外野自由席のチケット自体は余裕で買えるけど、当然、入場後ただちに席取りに。
15時ぐらいからの列びなら席も特に問題なく取れるでしょう。
開門・入場前の外野(ライト側・ヤクルト側)の列やその最後尾が初めてだと判り辛いかもしれず、現地の係員に確認してください。
神宮の内野スタンドのフェンスは他の球場に比べて高く、ネットフェンス越しになるのを避けたいなら、ベンチ上から外野近くの上段の方で(球場全体を見渡しやすい)。
選手を近くで観たいならできるだけ前の方で。
神宮は試合中の控え投手の投球練習をファールゾーンのエリアでするから、スタンドから丸見えで、その内野沿いの前寄りの席だと、継投で出てくる予定の投手も観察できます。