使用可能ですが、四輪用と二輪用を比べると二輪用のETCの方が電波の受信がシビアなので、二輪用を車に搭載する時はアンテナの取り付け位置を決めて固定する必要があります。
構造まではわかりませんが、当たり前のことですが四輪用は車内にアンテナが設置されるため、ETCゲートのアンテナとの間にフロントガラス1枚が挟まれます。
バイクの場合、取り付けマニュアルには車体側とゲート側のアンテナの間に一切遮るものを設置してはいけない旨が記載されています。
よくカウルの内部に設置したり、ウィンドスクリーンの内側にアンテナを設置している方がいるのですが、原則NGです。
よほどの事が無い限り、ゲートが開かないなどのトラブルはないとは思いますが、四輪用を二輪車に搭載するよりリスクは大きくなることを忘れないでください。
オートバックスを含め、二輪用のETC車載器を車にセットアップしてくれる業者は存在しません。
ただし、ETC車載器(中古)はセットアップをしなくても前所有者の情報がセットアップされているため、再セットアップしなくても問題なく使用できますし、法的にも問題ありませんし、不具合も発生しません(JRCの規約違反なだけです)。
最後にヤフオクなどに新品のバイク用ETC車載器を出品している業者がいますが、JRCの規約ではセットアップ無しにETC本体を販売することを禁じられています。
おそらくどこかの用品店やバイクショップが潰れて余った在庫を安く仕入れて転売しているのでしょう。
この場合、正規のETC取扱店ではセットアップ(新規)してくれない可能性が高いので注意が必要です。