ご相談の状況から判断して、私のオススメする対策は次です。
1. サブバッテリー(R-BT)の端子に直接常設の電圧計を接続しておく。
費用は2~3千円 2. 同じところに、電流・電圧計を常設しておく。
費用は資材費で25,000円前後 以下は説明です。
「フロントから来てR-BTに接続されている端子には、14.7Vの電圧が来ているんだけど、バッテリーには充電されていない」 とのことですが、リレーが不良であったことが原因だとすれば、測定した電圧はリレーの1次側の値であり、サブバッテリー本体の端子ではかなり電圧が下がっていたはずです。
測定は損失の少ない直近箇所で測定する必要があります。
サブバッテリーの充電・残容量の状況は、概ねその電圧を計ることで把握できます。
走行充電中はそれなりの高い値になりますが、停車して機器を利用し放電が進むと次第に電圧は低下してきます。
走行充電リレーが不良になった場合には、上記充電時の高い値が不十分になります。
測定機器は、汎用の電圧計の場合にはサブバッテリーの端子で計るために座席の取り外し等が必要になったりしますので、常設の自動車用電圧計を接続して普通の走行・室内利用状態で監視できるようにするのが良いと思います。
http://www.napolex.co.jp/products/Fizz/Fizz-1027.html 電流計を取り付ければ、もっと直接的に充電放電の状況が把握できますが、機材費がやや高額になるのと、常設の場合には取り付け作業にある程度の技術が必要です。
電圧と充放電の経過からバッテリーの残量を簡易表示してくれるものもあります。
http://www.yuukoumarine.jp/nasa_marine/compact_battery_monitor.html もっと安価な機器の組み合わせもあるかとは思いますが、キャンピングカーにおける100A近い大容量の電線やシャント抵抗の組み合わせ、表示部がプラスとマイナス両方向必要であることなどを理解・機器選定・加工処理する必要があります。
電流計には測定方法や表示にかかる演算等の機能等により、機能も価格も相当幅があります。
前の方々が提案されている、非接触でケーブルを挟むような形で直流電流を測定するクランプメーターも1万円程度からあり、一時的測定には良い方法だと思います。
しかし常設を考えた場合には、私がこれまで調べたところでは測定部と表示部を離してすっきり設置させるのは難しいようです。
https://www.monotaro.com/g/00011149/?t.q=MODEL%202001