主さんの状況から、充電系統の故障の可能性が高いと思います。
具体的には、レギュレタ(レギュレートレクチャファイア=電圧制御器兼整流器)の故障か、オルタネータ(交流発電機)の故障かの何れかが発生して、バッテリが充電されないのだと思います。
発生頻度は発熱を伴うトランジスタ制御が行われるレギュレタの故障頻度がかなり高い様です。
故障診断ですが…私のバイクのサービスマニュアルからの引用ですが、電圧仕様等は、他車でも同じでしょう↓ 【レギュレタ】 [1] 現在のバッテリ電圧を測る(バッテリ端子間) [2] エンジンを始動して、5000回転程度にして、上記[1]と同様に バッテリ端子間の電圧を測る [3] 測定電圧が「[1]での計測値<[2]での計測値<15.5V」内に収まる事 逸脱する場合はレギュレタアセンブリで交換 【オルタネータ】 [1] オルタネータから出ている同色の3本のケーブルの2本通しの抵抗を 全て測る [2] 測定値が0.1Ω~1.0Ωの間であること。
と、こうなっています。
ちなみに私だったら(いい加減ですよ!)レギュレタは、バッテリ端子からバッテリを外し、そこにテスタを入れて、3,000回転~吹かしてみて、12V<テスタ値<15.5Vになる事、で確認してしまいますけどね。
異常があれば、6Vとか、20V以上とかの不正電圧が印加されます…