E90、Z33両方に乗っておりました。
車検はやり方次第なので何とも言えないですが、320iで20万で軽整備程度の内容だと、Z33の方がわずかに安いかな?15,6万位じゃないでしょうか? ただし私はZ33の車検を11万、BMWE90の車検が同じ内容で13万位で受けていたので、ここは維持費と言うよりやり方じゃないかな?と思います。
保険は当時はZ33もそれほど高くなかったのですが、今は結構Z33の方が高くなるんじゃないかな?と思います。
燃費に関しては、どこを走るかによりますが、ATで都内メインだとE90で7~8km、Z33で5,5km程。
MTなら1kmは両方上がると思いますがZ33の方が悪いと思います。
まぁ私は燃費に気を付けた運転を全くしないのでが^^; なのでご質問者様が質問している中での維持費の中だと大差ないと思います。
しかしそれ以外の部分で見てみると…BMWはE年式にもよりますが故障やパーツの高さがネックです。
Z33は前期・後期どちらを選ぶかにもよりますが、大きい故障はそれほどありません。
対してE90はメジャートラブルとして、DSCセンサー・ユニット・アングルセンサー・インジェクター・エアマスセンサー・O2センサー・パワーウィンドウがあり私はすべて経験しました。
さらに、オイルレベルセンサー・ECUブローのおまけ付きで、トータルで100万以上の修理となりました。
特に壊れる頻度が高いアングルセンサー(当時10万ちょろ)、DSCセンサーユニット(30万程)とECUブロー(25万)です。
対するZ33は、エアフロセンサー(2,3万)・ノックセンサー(2万)の修理をしたのみで3年でこんなものです。
他の人を見ると大物でもスロットル交換(前期なら10万程・後期は20万超え)が大物で割と聞くかなぁ?程度で余程じゃない限り大きな出費はなさそうな車です。
私のBMWははずれで壊れまくりな部分はあると思いますが、故障面を考えたらZ33の方が維持費は安いと思います。