車でスマホを使い音楽を流すのにBluetoothを使いたいのですがFMを介さずに使うとすればどうしたら良いのでしょうか？

今お使いのデッキ側の仕様によりますね。
AUXインプット用のステレオミニジャックがあれば、Bluetooth受信機とミニジャック接続することが可能です。
例えばこんなのです。
http://www.amazon.co.jp/Aukey-BR-C1-Aukey-Bluetooth%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%AC%E3%82%AA%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%87%E3%82%A3%E3%82%AA%E3%83%AC%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%83%90%E3%83%BC-%E7%84%A1%E7%B7%9A%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%87%E3%82%A3%E3%82%AA%E5%8F%97%E4%BF%A1%E6%A9%9F-3-5mm%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%AC%E3%82%AA%E3%83%9F%E3%83%8B%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%B0%E6%8E%A5%E7%B6%9A-BR-C1%EF%BC%88%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%83%E3%82%AF%EF%BC%89/dp/B00S0HL2FW/ref=zg_bs_2250130051_3 もしそれがなければBluetooth FMトランスミッターしか方法を思いつきません。
http://www.amazon.co.jp/J-Force-Bluetooth-FM%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%9F%E3%83%83%E3%82%BF%E3%83%BC-%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%83%E3%82%AF-JF-BTFM2K/dp/B007TPEOXS あとは素直にBluetooth対応のデッキに変えるのがいちばんスマートな気もします。